豆粕经微生物发酵后，粗蛋白质、粗脂肪、磷和氨基酸含量或利用率都有所提高，而粗纤维和钙含量有所下降，从而改善了豆粕的营养组成。其机理可能是，微生物在发酵过程中大量增殖，将豆粕培养基中的非蛋白氮、无机氮、无效矿物质及一些抗营养因子分解或转化为自身的菌体蛋白和动物可直接利用的其他营养物质。另外，微生物降解过程中的一些产物也可以降解大分子的蛋白质，大豆胚芽粉电话，使氨基酸含量增加或组成改善。
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酶解豆粕主要用于大豆肽的液态生产。它存在一系列的限制因素，首先蛋白质水解过程中产生的苦味、臭味无法完全抑制，尤其是大规模生产中，降低和脱除水解过程中的苦味和臭味需要很高的成本。较高的价格是限制大豆肽进入市场的主要原因。
邯郸市天德生物饲料有限公司是一家专门从事发酵辣椒粕，发酵豆粕，发酵棉粕，牛羊专用发酵料，蛋禽专用发酵料为主的微生物饲料开发和生产的科技型现代化企业。
霉菌也经常被研究人员用于固态发酵豆粕的生产，且常常与其他菌丨种混合发酵。莫重文等人采用米曲霉和啤酒酵母混合菌株固态发酵法生产发酵豆粕，利用霉菌产生的多种酶系，大豆胚芽粉现货，降解其中的纤维素及蛋白质等物质，利用酵母菌合成菌体蛋白。
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